结局A
flowers for m[A]chines
副标题flowers for m[A]chines疑似自我致敬龙背上的骑兵结局B的副标题flowers for the Broken spirit，然而这两个结局情节差别太大，很难说有情节上的关联;因此可能仅仅是标题上的模仿或是单纯的巧合。
感谢33楼提醒：副标题致敬经典科幻小说《献给阿尔杰农的花》(Flowersfor Algernon)的可能性很高。被改造而进化获得高智商的老鼠Algernon最后因为改造本身而死去，对应进化后产生人类意识的Adam和Eve的结局。
此外，若不考虑neta而专注于故事本身，那么在结局A的故事线中有两个比较关键的地方涉及到花的概念，一是2B送给6O的沙漠玫瑰照片，二是 Emil支线相关的月之泪，故事情节都很积极。结合浅显易读的剧情和表面上的HE，使用这样一个明快向上的标题可以说是切题的。
or not to [B]e
副标题显然是对莎士比亚《哈姆雷特》中著名独白的引用。哈姆雷特在得知父亲之死的真相以及母亲和叔父的计划之后，在震惊绝望和自我毁灭中思考自身生存的意义;而在结局B的9S视角，9S从对机械生命体以及Bunker数据库的黑客行为中接触到部分幕后的信息，包括人类已经灭绝的事实。作为保卫人类的YoRHa部队一员，9S自身又该何去何从?在游戏早期宣传和结局A的游戏过程中，玩家一直受到2B是主角的暗示，而随着剧情发展才渐渐发现9S才是真男主，监督亲儿子。。
一说or not to Be 的副标题是or not 2B的谐音。结局C中A2向9S说明2B真实身份的时候说过“你可能也已经有所察觉”这样的台词，事实上9S确实可能已经在A2坦白之前得知真相。9S的推理基于以下事实：
1. 9S通过结局B支线剧情中的失忆症任务得知YoRHa部队E型的存在，并得知E型部队可以对友方特定Android发动攻击。
2. 结局A/B中2B扼死9S(红眼)后，9S通过云备份的方式保留了2B扼死自己(红眼)这一情节的记忆，得知2B可以对自己(即使是红眼)发动攻击
3. 结局C主线中，9S得知2B由于YoRHa部队的识别信号，2B无法对被感染的YoRHa部队(即使是红眼)发动攻击
4. 通常的B型机体具有强势好战的人格，而2B则是冷静沉着型。(印象中出处大概是某支线任务中9S和2B的对话)
因此9S作出类似“2B是针对自己的E型机体”的推理是可能且合理的。然而在结局B的时间点上，由于缺少条件3，9S能够作出完整推理的可能性较小。故在结局B的时间点上以or not 2B的谐音来暗示2B的真实身份2E的可能性较小，个人更倾向于认为谐音是美妙的巧合。
meaningless [C]ode
目前还没有注意到这个副标题的neta。若有，望各位指正。在C和D两个平行结局中，我认为C结局是真实发生的事件，即故事线为A/B-C-E。在Emil的武器故事中有提到：
[12422 09 02] 異星人の繰り出した機械生命体がネットワーク機能を再構築している事を確認。また、重力系の操作を可能にしている個体も再発している。
可以说明12422年(本作约500年后)机械生命体网络正在重新构建。即结局C中A2摧毁机械生命体网络一事属实。另外，结局E中POD 042和POD 153回收的9S机体左臂被斩断，而9S与A2腹部并无伤口或血迹，说明结局C中A2斩断9S左臂确有其事，而同归于尽的D结局并未发生。至于结局C的副标题“无意义的代码”，一可能是对机械生命体网络的嘲讽，二可能代表A2希望9S和2B放下身为YoRHa士兵的责任而获得自由，YoRHa代码无论是 2B还是2E已无意义。结局动画中有森林山谷中白之契约和背包被放置的特写，考虑到其象征意义，个人倾向于第二个解释。
chil[D]hood’s end
致敬英国科幻小说作家Arthur Charles Clark的同名小说作品《童年的终结》。小说讲述在不远的未来，具有压倒性科技实力的外星种族降临地球。然而外星种族的目的并非毁灭人类，而是帮助人类的进化。外星种族自称自己的进化进入了歧途，在个体意识和肉体强度上走到了有机生命的物理极限(类似没有卡拉的星灵)，然而真正的进化“升华”则需要一个文明放弃个体意识和肉体，以智慧共同体的形式走向宇宙。外星种族由于走入歧途无法升华，于是尽己所能帮助尽可能多的文明走上正确的进化道路，脱离文明的童年时期。
本作结局D中，人类文明的辉煌反而被敌对一方的机械生命体学习模仿而得到保存，机械生命体智能网络实现了意识的进化，最终将载有Android和机械生命体意识的方舟发射进入宇宙，这与小说的结局不谋而合。
结局D中9S若选择不接受Adam的邀请，则在方舟发射后会有“ああ……そこにいたんだ……2B”的发言。常见的解释是2B的personal data搭载在方舟上离开了地球，但是这句发言中使用的过去式感觉很微妙。或许是9S临死前看到了2B的幻觉?不过，若以结局C是事实、结局D是虚构为前提，那么关于这句发言的讨论没有太大意义。
the [E]nd of YoRHa
本作的True End。副标题疑似致敬龙背上的骑兵1结局E the End of the dragon sphere。尽管剧情上两个结局并无相似，但由于龙背1的结局E正是尼尔系列世界观的开始。因此这一自我致敬的可能性相当之高。考虑到结局动画中五台 Pod镜头一切变成了五只白鸽，那么Pod运载的记忆和维修部件具有橄榄枝的隐喻是比较合理的，因此基本上可以认定结局E是HE(监督太抠门，我存档都删了居然不发糖)。
折叠一点关于副标题致敬新世纪福音战士旧剧场版副标题The End of Evangelion的可能性讨论，以及个人观点
副标题同时疑似致敬新世纪福音战士旧剧场版副标题The End of Evangelion，而两部作品中人物和组织的命运确有诸多相似之处。名义上为对抗使徒而设立的NERV机关实为SEELE实现人类补完的棋子，而高呼荣光属于人类的YoRHa部队从诞生起就注定了被其创造者背叛;随着剧情的发展，两人(Shinji&Asuka/9S&2B)在逐渐接近幕后真相的过程中渐渐开始理解自己心中的情感和愿望;而在故事的最后，两部作品留下的都只有爱恨交织的少年少女和末日后一片空白的世界。鉴于两部作品气质非常接近，这里并不排除这一致敬的可能性。
关于E结局的后续，考虑到Emil的武器故事：
[12423 01 19] 複製された僕達の記憶は曖昧だ。今日会った黒い服のアンドロイド……どこかで見たことがある気がする。彼女は何か複雑な顔をしていたが、僕は何も思い出せなかった。
本作约500年后机械生命体网络重生后不到半年，Emil的某一个复制体遇到了一位黑色服装的Android女性，似乎曾在哪里见到过。她对 Emil露出了复杂的表情，Emil却没能回想起任何事情。考虑到A2其实是掉漆没穿衣服，文中所指的Android女性是2B的可能性比较高。那么，2B的后续存活基本上是可以确定了。游戏中对9S和A2的后续没有再作交代，至少在出DLC之前大概只能靠玩家自行想象(我只想他们过上没羞没臊的日子。
