燕十三此出道以来，一直活在三少爷的阴影之下。每次与人比剑之后，他通常都是胜出的一方， 可是很多江湖人士都把他认作三少爷，说只有三少爷有如此快的剑，三少爷有胜出了一回。
他心里不服气，决定最终去找三少爷谢晓峰比剑，夺回属于他的江湖名声。燕十三打败天下无敌手，最后得知三少爷的剑乃天下无敌，就萌生比剑之心。来到碧水湖畔神剑山庄后，谢晓峰的老爹却告诉燕十三，儿子谢晓峰已经死了。
燕十三听后悲痛欲绝，因为最好的对手，再也无法更好地证明自己。为此，他在神剑山庄几乎大开杀戒，这时候谢晓峰的老爹谢王孙说：“失去了最好的对手，就等于失去了最好的知音，琴就会变得很寂寞，你现在的心情我很解。”最后，说动了燕十三，燕十三离开了神剑山庄。燕十三离开后，打遍天下无敌手，而最强悍的对手又死了。燕十三可谓生无可恋。
多年闯荡江湖，为了成名杀死无数剑客，更有小时候受过苦日子，一生劳累成疾。最后去世上最有名的医生那里得知自己即将死去，时日无多。在弥留之际，希望把自己的剑法流传下来。这个时候，在苦海镇遇到“没用的阿吉”，就决定收他为徒，把自创的十三剑传给他，让没用的阿吉成为今后能够独步天下的“有用的阿吉”。
燕十三说：“当酒喝到最烈，也没有意思醉意，酒就没有意思了。当自己做的一切都能够猜到结果，做人也就没有意义了。自我出道，就成为三少爷的影子。我所做的一切，都被当做是他的创奇。人在江湖，纵向留点名声。所以，我才去神剑山庄找他比试。赢了，固然扬名立万；输了，也算不枉此生。”“可惜，那个小王八蛋却死了。希望我死后，你可以告诉世人，燕十三就是燕十三，不是那个混蛋三少爷。”最后，燕十三把自己一生的剑术都传授给了没用的阿吉。
已经生无可恋，处于等死的状态，这时候另一位剑客却传来了三少爷的消息。“你现在还不能死，三少爷还没有死呢。”在得知三少爷并没死后，燕十三直接从棺里跳了出来，再去找三少爷比剑。然后又不愿意去了。燕十三说：“我这辈子也赢不了他，因为我把所有的剑法都交给他了。”这就是剧情最大的反转。燕十三阴差阳错地把自己的剑法传授给了自己一生都在追寻的对手。
三少爷因为从小为了家族名誉，替家族杀了很多其他家族的剑客，杀人无数，内心很不安，所以离开了神剑山庄。而他的父母更是在他离去后，就对江湖宣布他的死亡。为此，他隐姓埋名，改名为阿吉。因为阿吉不运用任何武功招数，更是不再用剑，在流浪中被人欺负，被人成为没用的阿吉。为了挽救一个叫做小丽的女孩，身体中数刀，却不吭一声。谢晓峰未过门的妻子慕容秋荻因爱生恨，不惜与整个武林为敌，在得知娃娃与阿吉的故事后，更是血洗这一家。
三少爷的未婚妻子慕容秋荻找上门来的时候，不惜以天尊组织之手杀了村民和娃娃全家。
在慕容秋荻与娃娃的一段对话中，慕容秋荻说：“你这种贱货也配勾引晓峰？”娃娃说：“你知道你为什么会失去他吗？因为你从来爱的只是他的名声，而我认识他的时候，他就只是一个普通人，我爱的就是他这个人。”
这时候也随着展开了两个世界顶级剑客在之间的对话。
燕十三：村民和娃娃全家都被杀了，你不应该为他们做点事吗？
三少爷说：自我十岁开始，为了我的家族杀了别人的家族，我的剑早已血迹斑斑，满身都是罪恶，我怎么可以再杀人？
燕十三：无需杀人，只要把对方打败就行了。懂吗？傻瓜。
旁边一个剑客，专门负责把两个剑客对阵中败的一方拿到手，并拿去售卖，说道：一语道破，大道坦然。燕大侠说得好。
在燕十三的鼓励下，谢晓峰再次拿起剑，并打败了天尊组织，挽救了神剑山庄和他的族人。
不过，燕十三与三少爷的比剑还是在所难免。
江湖事情都处理完毕后，两大江湖剑客于山巅上，约定比剑。
燕十三：不早了，我请你喝了世上最好的美酒，你也穿得像个剑客，该还我人情了。
三少爷：十三，你赢不了我。
燕十三：来吧。人是会败给自负的。
燕十三：一个剑客，最屈辱的解决就是死在病榻上。对吗？
三少爷：对。
燕十三：你情愿怎么死？
三少爷：死在我尊重的剑下。
燕十三：我是绝对不会以让剑来侮辱我尊重的对手。
三少爷：好，那我们来世在做兄弟。
在高山之巅，燕十三与三少爷两个人一顿天昏地暗地打斗。
在无数个回合后，最终燕十三倒在三少爷的剑下。
那个捡剑的剑客又来了，并说道：这是他自掘的坟墓，也算死得其所。
三少爷：我用我的剑和你换他的剑。曾经有人夺走了他的名字，我要还给他。
最终燕十三长眠于他自掘的坟墓，在苦海村附近的一个鸟语花香之地。
在墓地林，那个专门收集剑客决斗后剑的剑客又出现了，这时候，三少爷和他换了一把剑，把自己的剑给了那个剑客，把燕十三的剑留下来了。谢晓峰三少爷说要给燕十三一个真正的武林名声。
三少爷并没有隐退江湖，而是带着另一名女子娃娃开始了除恶扬善的江湖之旅。用自己手中的剑去维护武林正道。
剑，有很多种，剑可以杀人，也可以救人，还可以行侠仗义，整顿武林，就看用剑者是怎样的剑客。
燕十三小时候为了躲避世人的欺负，脸做成了坏人的样子，最终为了钱杀人，在背后杀人，名声确实不好。可是，却在剑法上有卓越的追求，时日无多、弥留之际，把自己的剑法流传下来，并且“我燕十三要把余地的日子都用来做好事”，人生得到了升华。
三少爷，因为为了家族荣誉杀了无数剑客家族，无心武林争斗，渴望归隐，最后从燕十三那里学到剑除了可以杀人，还可以维护武林，重出江湖，捍卫武林正道。
