李时珍的弟弟李行义去查找制造假药的证据，不幸被害，李时珍不顾生命安危去查找证据，誓要为弟弟报仇雪恨，誓要替怨死的百姓讨回公道。
李时珍进衙门，状告世子的罪行，世子害怕了，让李时珍放弃对他的诉讼，让他明白，如果世子有什么不利，李时珍和苌葶郡主也就不可能在一起了。
李时珍坚决表示自己一定要替弟弟和百姓们报仇，于是遭到了世子的暗杀。
世子的手下把受伤的李时珍扔到了染了瘟疫的人堆里，还好斯语找到他，挽救了他的生命。
李言闻连忙去京城拜见了太后，请求太后救自己儿子，太后心里痛恨藩王们虎视眈眈盯着皇位，于是让皇帝杀鸡儆猴处死了世子。
李时珍不顾自身安危，状告皇族，一时名声大噪。
李时珍也断送了他和苌葶郡主的爱情。
李时珍一直把斯语当妹妹看，斯语想嫁给他，可是他心里还是惦记着郡主。
斯语一气之下要嫁去远方，李时珍突然感觉到斯语对他的好，于是立即拦下了斯语出嫁的花轿，李时珍和斯语拜堂成亲了。
李时珍进入太医院后，用心学习医学典籍，医术更上一层楼。
朝鲜使臣金基泰在大殿上询问一些模棱两可的医学知识，李时珍一一对答如流，金基泰很是敬佩李时珍的人品和医术，想拜李时珍为师父，可被李时珍拒绝了。
不幸的消息传来，山东发生了瘟疫，太医们找理由借口不愿前往，可是李时珍主动请缨去医治百姓。
徐院使告诉李时珍瘟疫很严重，万一李时珍有个三长两短，他不好跟好友李时珍父亲交待，让他别去。
可是李时珍说：“我是个医生，就是要救死扶伤，如果自己不去，自己也是生不如死！”
李时珍赶到山东救治百姓，熬了两天两夜终于控制了疫情。
李时珍听说隔壁乡镇也发生了严重疫情，他又赶去医治那里的百姓。
斯语赶到京城，知道了李时珍去了疫区，她马上赶去疫区照顾李时珍，因为她知道自己的丈夫心里没有自己，只有苍生大众，只有病人。
金基泰很敬佩李时珍，陪斯语去找李时珍。
天上的牛郎和织女隔着银河，地上李时珍和妻子斯语隔着一条小河，只能相见而不能相守。
斯语把给李时珍的物品扔到对岸，或者让一小盆把物品漂过去。
士兵们把有瘟疫的村镇封锁了，老百姓不想等死，和士兵发生了严重冲突。
老百姓哪里是官兵的对手，被官兵打死打伤无数。
李时珍内心很是痛惜，他竟然不顾自身安全喝下了疫区染病的河水，他告诉老百姓，他也得了瘟疫，如果他治不好瘟疫，八天后，他也就死了，到时他们再决定怎么做。
于是这场官民之间的冲突就解决了。
李时珍告诉斯语，他开得药方缺灵芝，让她到附近山坡找灵芝，斯语和金基泰马上去找灵芝，发现灵芝被朝廷征走了，于是翻山越岭找到朝廷的官员。
还好管理御药的是苌葶郡主，苌葶郡主马上把所有的灵芝送给李时珍，李时珍得救了，老百姓也得救了，这场瘟疫终于控制住了。
李时珍让老百姓重新过上了安宁的生活，他的行为也受到皇帝的赞誉，得到许多封赏，让他当上了太医院的厉目。
