1、弘光帝朱由崧
朱由崧父亲是万历皇帝最喜爱的儿子福王朱常洵，也就是被李自成农民军杀死的那位。朱由崧和母亲一路逃亡，最后到了淮安。此时崇祯皇帝已经自缢殉国，南京的留守政府于是准备拥立一位新君，而同在淮安的福王朱由崧和潞王朱常淓成为选项。
当时实际掌权的南京兵部尚书史可法，没有当机立断拥立最有资格即位的朱由崧（与崇祯帝是最亲近的堂兄弟），而听从东林党人以“立贤”的名义拥立万历皇帝的侄儿朱常淓（崇祯帝的远方叔叔），置封建宗法于不顾还说朱由崧有七宗罪，显然不是一个高明的政治手段。
结果，本就主张按照礼法拥立朱由崧的凤阳总督马士英，被拥有兵权的高杰、黄得功、刘良佐等人胁迫，直接拥兵护送朱由崧进入南京，继承了帝位。史可法被搞得里外不是人，在朱由崧那里没有拥立之功的他，被迫自请到江北前线去督师，从而失去了对南明政权的实际影响力。
由继承权引发的对立，在本就严重的党争之外，又衍生出跋扈的军镇，局势变得更加复杂和糜烂。文官与文官之间，武将与文官之间，不断内讧。而没有像史可法这样的人来约束朱由崧，原本就骄奢淫逸的他就更加不知所谓。
因此，弘光政权在面对清军时，显得非常不堪一击，1645年五月朱由崧被清军俘虏，九月送往北京，第二年被杀，时年40岁。
2、潞王朱常淓
朱常淓因为有贤明的名声在外，因此在南明初立时，差一点成为皇位继承人。之后朱常淓从淮安一路逃奔杭州居住。1645年五月弘光帝朱由崧被俘的消息传到杭州，马士英、阮大铖等商量请当时在杭州的朱常淓监国，六月初七日，朱由崧嫡母邹太后命朱常淓监国。
六月十一日，清军就兵临杭州城下，朱常淓听从陈洪范的意见，两天后就开城投降。当年九月，和朱由崧一起被送至北京，第二年同时被清人杀害，终年39岁。
3、隆武帝朱聿键
朱聿键是朱元璋儿子唐定王朱桱的八世孙，是崇祯皇帝的曾祖辈。朱聿键是个苦命人，因为父亲不被祖父喜爱，父子都被关了起来，期间父亲还被叔叔毒死，自己也差一点被剥夺世子地位。在被囚禁的16年中，朱聿键埋头苦读。
朱聿键也是个很有血性的人，继承唐王之位后为报父仇，杖杀了自己的叔叔。1636年，清军入关直逼北京，朱聿键勤王心切，竟在没有得到同意的情况下，率领王府亲军北上勤王，虽然没有遇到清军，但却在途中和农民军打了几仗。
私自带兵出自己的封地，有明一代可是重罪，不管你有什么理由。崇祯帝因此大怒，将朱聿键圈禁在凤阳。被关了8年后，直到崇祯帝自杀后，才被放了出来，之后一路南迁来到福州。
弘光帝朱由崧被清军俘虏后，郑芝龙、黄道周等人在福州拥立朱聿键登基称帝，改元隆武。在朱由榔存在的情况下，作为远支宗室的朱聿键能够被南明重臣承认，据说是因为他的封地在南阳，是中兴汉室的光武帝老家，因此大家对他寄予中兴明朝的希望。
朱聿键虽然贵为皇帝，但却被盘踞福建的郑芝龙家族架空，无权无钱无人。当清军逼近仙霞关，黄道周带着义兵北上抵抗，而郑芝龙则坐视不管。1646年八月，清军攻入福建，隆武帝在汀州被偷袭身亡，享年44岁。
4、绍武帝朱聿鐭（yù）
朱聿鐭是隆武帝朱聿键亲弟弟，隆武帝殉国后，受封为唐王的朱聿鐭和隆武朝部分官员逃到广州，而其他南明势力则在广东肇庆推举崇祯皇帝的堂弟桂王朱由榔为监国。
1646年十月十六日，清军攻下江西赣州，朱由榔身边的人惊恐，从广东肇庆仓皇逃往广西梧州，广东全省立刻出现权力真空。此时，大学士苏观生联同大学士何吾驺、广东布政使顾元镜等人，与到达广州的部分明朝藩王一起，拥立朱聿鐭为监国。朱聿鐭随即按兄终弟及的原则继位称帝。
朱由榔政权获悉朱聿鐭称帝的消息后，立即又赶回肇庆登极称帝，改元永历。朱由榔派人要求朱聿鐭取消帝号，苏观生等人愤怒将来使斩首，还派兵攻打肇庆。自此，南明再次出现两个政权兵戎相见，虽然朱聿鐭的绍武政权获胜，但也损兵折将，正所谓鹬蚌相争渔翁得利。
当年十二月，就在双方厮杀之际，清军攻入广州城，朱聿鐭被俘自杀殉国，终年43岁。
5、鲁监国朱以海
朱以海是朱元璋儿子鲁王朱檀的九世孙，是崇祯皇帝的爷爷辈。鲁王的封地本在山东兖州，1642年清军入关抢掠攻破兖州，朱以海的哥哥鲁安王朱以派自杀，他自己躲在死人堆里逃过一劫。两年后，朱以海承袭鲁王之位，李自成攻占北京后南逃寓居浙江台州。
清军攻破南京后，起兵浙东的张国维、钱肃乐、李长祥等拥立朱以海在绍兴监国。但当时唐王朱聿键已经在福州称帝，朱以海本来打算接受朱聿键的诏书取消监国，但是张国维和熊汝霖等人坚决反对而作罢。从而出现了南明两个政权长期并立的戏剧局面，进一步分裂了抗清势力。
在清军的步步紧逼之下，朱以海从浙东流亡海上，走石浦依附张名振，后至舟山和福建、金门。1653年取消监国名义，1662年病死在金门，终年45岁。
6、永历帝朱由榔
朱由榔是万历皇帝的孙子，崇祯皇帝的堂兄弟，也是属于近支宗室。朱由榔父亲桂王朱常瀛的封地在今天湖南衡阳，1643年八月大西军攻陷湖南长沙，朱由榔在南逃途中被俘虏。因为混入大西军中的明朝官员保护，他才得以死里逃生，到广西梧州与其父相聚。父亲和哥哥相继死后，朱由榔袭封桂王。
被南明普遍认同的隆武帝朱聿键殉国后，作为万历皇帝唯一健在的子孙，朱由榔在两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜、巡按王化澄与吕大器等人拥立下，开始监国。但听到江西失守的消息，朱由榔等人立刻逃往广西，置广东于不顾，大失人心。
随后朱聿鐭在广州建立绍武政权，朱由榔又回到肇庆称帝，双方大打出手，导致广东很快失守，绍武政权也被清军攻灭。
从1646年十二月到1650年，朱由榔从肇庆开始辗转各地，梧州-桂林-全州-柳州-桂林-南宁，在金声桓、李成栋等人反正后，一度又回到肇庆，但是永历政权的无能使得大好局面很快丧失，朱由榔再次逃亡。
1651年，永历政权不得不依靠原来的“反贼”大西军，来到了孙可望控制的贵州安龙，并在那里度过了安稳的三年时间，只不过没有自由。1654年，膨胀的孙可望企图自立，引发他和“两厥名王”的李定国分裂。
1656年正月，李定国率军进入安龙，迎接永历帝到昆明。第二年，孙可望与李定国兵戎相向，孙可望战败投降清军并和盘托出云贵两省的虚实情报，抗清势力再一次大大削弱。
1658年，清军三路大军入攻云南，孤忠的李定国毕竟独木难支，云贵沦陷。第二年，朱由榔由李定国护送进入缅甸境内。1662年，缅甸王莽白将朱由榔献给吴三桂，被其亲信吴国贵用弓弦勒死，终年40岁。随后，忠贞的李定国也在景线病死。
