公司注销时，如果资产负债表上科目有余额，需要将相关科目清理为零，再到税务机关、市场管理部门等办理公司注销的相关手续，否则，公司注销时会很麻烦。那么，公司注销时，资产负债表上科目余额，如何进行处理呢？
公司注销时，在资产负债表上有余额的会计科目主要有货币资金、应收账款、预付账款、存货、固定资产、应付账款、预收账款、应付职工薪酬、未分配利润和其他应收款、其他应付款等科目。公司可以根据科目发生的具体情况进行相关的会计处理。
1、存货。存货如果有余额，主要三种处理方式，第一种方式是对盘亏或已经变质没有销售价值的存货，做报废损失处理。公司发生的非正常损失的存货，不得抵扣增值税进项税额，已经抵扣的，需要做进项税转出处理。但不得从增值税销项税额中抵扣的进项税额，可以与存货损失一起在计算所得税应纳所得税额时扣除。
第二种方式是对外销售，对外销售的存货需要价格公允，并需要交纳增值税、附加税、印花税和企业所得税（如果有收益）。
第三种方式分配给股东，分配给股东的存货需要视同增值税收入和企业所得税收入，按组成计税价值或公允价值计算、缴纳增值税和企业所得税（有收益），另外，公司还要代扣代缴股东的个人所得税。
2、应收账款。如果应收账款科目有余额，说明客户欠公司的钱，公司应组织清收，将款项收回来；如果确实收不回来，需要收集收不来应收账款的相关证据和资料留作备查，可以做坏账处理。
3、预付账款。预付账款是公司向供应商订货时预先支付的定金，如果预付账款科目有余额，那么，公司应及时将定金索回，如果不能收回定金，需要提供不能收回的定金的相关信息和资料，并做营业外支出处理。
4、固定资产。固定资产科目如果有余额，同存货一样，需要进行固定资产清理，常用的方法就是将固定资产卖出去，其形成的差额计入营业外支出或营业外收入；无法变卖的，可以考虑分配给股东。涉及税费的需要缴纳相关的税费。
5、应付账款。应付账款科目如果有余额，说明公司欠供应商等别人的钱。公司应付账款如果存在余额，市场管理部门等是不会给公司办理注销手续的，那么，需要在注销前将余额进行清理，比较简单的处理方式，就是将欠款支付给相关的企业。
6、应付职工薪酬。应付职工薪酬有余额，反映公司存在欠发员工工资的情况，那么，公司需要首先将欠发工资给员工及时补发，如果没有钱给员工发工资，可以用公司的资产进行清偿。从清偿顺序的角度讲，员工工资是放在第一位的。
7、未分配利润。如果未分配利润的余额在贷方，反映公司存在没有分配给股东的股利，可考虑将股利分配给股东，但公司需要代扣代缴个人所得税；而如果未分配利润余额在借方，反映公司是亏损的，其余额是不需要处理的。
8、其他应付款和其他应收款。有的公司将其他应付款和应收款变成了大杂烩，导致这两个科目的核算内容比较杂，需要公司在注销前认真清理，尤其是股东占用资金的问题，股东应及时将欠款还给公司，否则，需要代扣代缴股东的个人所得税。
9、预收账款。预收账款科目有余额反映公司收取了客户的定金，处理起来比较简单，直接把定金退还给客户就可以了。
另外，公司对相关会计科目进行清理后，如果银行存款和现金有余额，可以直接分配的股东。
总之，公司注销时，如果资产负债表上科目有余额，根据不同科目余额的实际状况，将相关科目清理为零，再到税务机关、市场管理部门等相关部门办理公司注销的相关手续，否则，公司注销时会很麻烦。
